L’ANR soutient la recherche sur la Covid-19

Les premiers cas suspects de pneumonie sont détectés en décembre 2019 à Wuhan et attribués à une contamination par un nouveau coronavirus dénommé Sars-coV2. L’épidémie Covid-19 est déclarée « urgence de santé publique internationale » fin janvier 2020 par l’OMS. En France, la structure opérationnelle dédiée aux épidémies REACTing (Research and Action Targeting emerging infectious diseases – créée par l’Inserm en 2013 sous l’égide d’Aviesan) bénéficie, dès le 10 février 2020, de premiers financements pour amorcer des projets de recherche sur la Covid-19.

Dès ce début de crise sanitaire mondiale, en articulation avec le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI) et REACTing, l’ANR a souhaité s’inscrire dans l’effort de recherche nationale pour contribuer à la gestion de la pandémie.

L’ANR a ainsi développé tout au long de 2020 un large dispositif pour accompagner les dynamiques scientifiques comportant à la fois des appels à projets spécifiques, l’affichage d’une priorité Covid-19 dans l’appel à projets générique et des initiatives en coopération internationale.

L’appel « Flash Covid-19 » est annoncé dès la deuxième quinzaine de février 2020, afin de renforcer les premières actions soutenues par REACTing et de mobiliser la recherche au-delà des communautés scientifiques déjà impliquées dans la réponse à la crise sanitaire. Publié, le 6 mars 2020 cette première initiative visait à soutenir des projets s’inscrivant dans une perspective de réponse immédiate à l’épidémie et nécessitant l’acquisition ou le recueil d’informations et de données.

Afin de poursuivre le soutien à la production de connaissances, l’appel « Recherche Action-Covid-19 », ouvert en continu, a permis une prise en compte de la diversité des questions apparaissant au cours du développement de la pandémie.

L’Appel « Résilience Covid-19 » ouvert le 18 décembre 2020 jusqu’au 2 mars 2021 prenait en compte les problématiques liées à la persistance de la pandémie. Ces appels à projets permettaient à la fois des procédures de financement accélérées et la prise en compte des nouvelles questions scientifiques dès leur émergence. Ces appels ont contribué à accélérer la promotion et la mise en œuvre d’une « Science ouverte » conformément à la déclaration conjointe « on sharing research data and finding relevant to the nCov outbreak » signée dès la fin janvier 2020 par des centaines d’institutions dans le monde dont l’ANR. 

Les objectifs des appels Flash Covid-19 et RA-Covid-19

Les appels Flash sont des instruments spécifiques de l’ANR qui s’appuient sur un dispositif accéléré permettant de financer des projets de recherche dans un délai court et dans le respect des principes d’évaluation par les pairs. L’appel Flash Covid-19, ouvert du 6 mars au 23 mars 2020, avait pour objectif de soutenir les communautés scientifiques de recherche mobilisées sur le Covid-19[1] et ainsi de renforcer les premières actions soutenues par REACTing.  Mais cette initiative avait également pour objectifs de mobiliser la recherche au-delà des communautés scientifiques déjà impliquées et, au-delà de la réponse à court terme, de produire des connaissances sur le plan épidémiologique, physiopathologique, sanitaire aussi bien que social et économique.

L’appel « Recherche Action Covid-19 » (RA-Covid-19) ciblait l’acquisition de connaissances avec une application des résultats, méthodes ou techniques dans les 3 à 12 mois ou le recueil immédiat de données spécifiques à la période épidémique et post-épidémique[2]. Cet appel ouvert du 20 avril au 28 octobre 2020 offrait la possibilité de déposer des projets au fil de l’eau et de développer des travaux sur les nouveaux thèmes qui sont apparus au cours de la pandémie et de la mise en place des mesures sanitaires ou économiques.

 Il s’agissait du premier appel de l’ANR visant le soutien de la recherche-action comprenant une évaluation au fil de l’eau.

  1. La durée des projets devait être inférieure ou égale à 18 mois et le financement maximum accordé de 200k€. 
  2. La durée des projets devait être inférieure ou égale à 12 mois et le financement maximal accordé de 150k€.

Les axes de recherche des appels Flash Covid-19 et RA-Covid-19

Les recommandations de l’OMS, élaborées lors d’un forum des 12 et 13 février 2020 réunissant des experts internationaux de la santé en collaboration avec le GLOPID-R (Global Research Collaboration for Infectious Disease Preparedness), ont constitué le socle de la réflexion pour l’élaboration des appels Flash Covid-19 et RA Covid. Ces appels ont été définis par un comité de pilotage scientifique associant le MESRI, REACTing (REsearch and Action targeting emerging infectious diseases)et l’ANR.  

Les axes scientifiques choisis, à la fois pluri et interdisciplinaires, concernaient l’ensemble des disciplines susceptibles d’apporter des connaissances sur l’épidémie, les conditions de sa gestion, mais aussi sur les caractéristiques du virus, de la maladie et sur les thérapeutiques potentielles. 

L’appel Flash Covid-19 visait principalement les thématiques suivantes :

  • Études épidémiologiques et translationnelles
  • Physiopathogénie de la maladie (interactions virus-hôte et réponse immune)
  • Mesures de prévention et de contrôle de l’infection en milieu de soins (y compris les meilleurs moyens de protéger les agents de santé) et en milieux communautaires
  • Éthique – Sciences humaines et sociales associées à la réponse

Le deuxième appel RA-Covid-19 reprenait les quatre axes de l’appel Flash Covid-19 (Études épidémiologiques ; Physiopathogénie de la maladie ; Prévention et contrôle de l’infection ; Dynamiques sociales et économiques, enjeux éthiques) et proposait un 5eme axe portant sur les enjeux globaux de l’épidémie Covid-19 :

  • Compréhension des facteurs écologiques, environnementaux et humains à l’origine de l’émergence de la pandémie et identification de pratiques permettant de limiter les risques futurs (y compris accords internationaux)
  • Impact macro et micro-économique et sur les flux d’échanges de biens et services (y compris financiers)
  • Impact sur les pays en développement et les territoires ultra-marins, et sur les relations Nord/Sud
  •  Modèles de sortie de crise sanitaire articulés avec la transition écologique et les objectifs de développement durable 
  •  Conditions de travail et conflits sociaux
  • Enjeux géopolitiques et impact sur les relations internationales
  •  Observations environnementales additionnelles de l’épidémie (à l’exclusion des systèmes d’observation environnementaux usuels)

Quelques chiffres

Nombre de projets sélectionnés, financements alloués et taux de sélection

Répartition des projets financés par axes et le taux de sélection

Répartition des projets par régions

Répartition femme/homme par grands axes

Une mutualisation des financements grâce à la mise en place de partenariat

 

 

Outre l’ANR et le MESRI, ces appels à projets ont bénéficié d’un grand nombre de cofinanceurs : la Fondation pour la Recherche Médicale, la Fondation de France et six régions (Auvergne-Rhône-Alpes, Grand Est, Hauts de France, Occitanie, Pays de la Loire, Région Centre-Val de Loire). Cette synergie inédite illustre d’une part, le souhait des cofinanceurs sollicités par l’ANR de contribuer à l’effort de recherche pour lutter contre la pandémie de la Covid-19 et, d’autre part, de coordonner leurs actions de soutien.

L'implication des entreprises

Dans les deux appels Flash Covid-19 et RA-Covid-19, les entreprises privées pouvaient être porteuses ou partenaires de projets. Parmi les projets financés, 17 comportent un partenariat avec au moins une entreprise, 4 sont directement portés par une entreprise (1 dans le domaine des tests diagnostiques et 3 en recherche thérapeutique). Au total, 21 entreprises sont impliquées. Les autres projets concernent les domaines suivants : tests diagnostiques (3), recherche de nouvelles approches vaccinales (1), pistes thérapeutiques (7), prévention (4) et dynamiques sociales (2).

Des recherches en lien avec l’action, les professionnels et les parties prenantes

Plusieurs projets portant sur l’analyse des effets de la pandémie sur les populations marginalisées et précaires associent les bénéficiaires et les travailleurs sociaux, les centres d’hébergement (par exemple, les Centres régionaux pour l’enfance et l’adolescence inadaptées), ainsi que les bénévoles.

Les effets de la gestion de l’épidémie sur l’organisation et les parcours de soin, ou encore les dimensions éthiques font l’objet de travaux qui associent les professionnels et les services de santé, les représentants d’associations de patients ou les patients eux-mêmes, les référents scientifiques des établissements de recherche.

Les grandes dynamiques scientifiques soutenues dans les appels Flash Covid et Ra Covid

Les projets financés couvrent différents domaines qui vont des études physiopathologiques, de la connaissance de la biologie du virus SARS-CoV-2, à la caractérisation de la réponse immunitaire des patients, jusqu’aux tests diagnostiques et aux molécules antivirales. Les études épidémiologiques, la modélisation de la dissémination du virus, la protection contre les infections, l’organisation des services hospitaliers et l’éthique médicale ou scientifique font aussi l’objet de travaux. Les dimensions sociales et humaines sont largement abordées à travers l’étude des déterminants des perceptions et des comportements, des effets de l’épidémie et des mesures sur les différentes populations, des conditions de l’expertise et des politiques publiques, ainsi que du point de vue des enjeux sociaux, économiques et géopolitiques.

Outre les sciences biologiques et médicales et les sciences humaines et sociales, les projets mobilisent les mathématiques et la modélisation, les sciences physiques et chimiques.

Recherches en biologie-santé sur le virus, la maladie COVID19 et les modes de prévention

Les appels FLASH et RA-COVID ont privilégié plusieurs axes de recherches « Physiopathologie de la maladie », « Etudes épidémiologiques et translationnelles » et l’axe « Prévention et contrôle de l’infection ». Les questions scientifiques abordées dans ces axes peuvent être regroupées en quatre grands thèmes :

  • Les études sur la biologie du virus et la recherche de molécules antivirales
  • Une meilleure connaissance de la physiopathologie de l’infection avec en particulier les conséquences sur la réaction immunitaire
  • La modélisation de la dissémination virale et les études épidémiologiques
  • Le développement de tests diagnostiques innovants et de nouvelles mesures de protection.
 

La plupart des projets de ces thèmes sont pluridisciplinaires et associent différentes disciplines de la biologie (biochimie, biologie cellulaire, physiologie, épidémiologie, recherche clinique) ou d’autres disciplines (physique, informatique, mathématique, sciences humaines et sociales, sciences de l’environnement…). Quinze projets proposent une collaboration avec des entreprises. 

Les approches utilisées sont très diversifiées et souvent multiples au sein d’un même projet. On peut citer des approches de biologie structurale (cristallographie, résonnance magnétique nucléaire), omics (protéomique, transcriptomique, génomique), génétiques (cribles, développement de modèles murins), biologie cellulaire, immunologie, virologie, épidémiologies, des développements méthodologiques issues de la physiques, modélisations mathématique…

Certaines études s’appuient sur des cohortes ou des essais cliniques déjà existant au moment du dépôt du projet. En particulier, les Cohortes APHP Covid, PED-COVID, COVIDeF, CoV-CONTACT / Cov-CONTACT-SERO, TEMPO-Cohorte, Constances, EPIPAGE-ELT, Nutrinet, E3N-E4N, PAQUID, 3C – Cohorte des 3 cités, AMI, Grippenet, les essais cliniques DisCovery, Liliade, COVIDICUS, la Biobanque COLCOV19 à Bordeaux, la biocollection (IBIS) et cohorte (ATLANREA) du CHU de Nantes, la cohorte COVID l’hôpital de Lille, la cohorte « French Covid» et de l’étude COVERAGE.

Recherches sur les dimensions sociales et économiques de la pandémie

Plusieurs axes des appels à projets Flash Covid et Ra Covid concernaient les dimensions humaines, sociales et économiques de la pandémie : deux axes parmi les quatre proposés dans l’appel Flash (« Prévention et contrôle de l’infection » et « Ethique, sciences humaines et sociales associées à la réponse ») et trois axes parmi les cinq de l’appel Recherche action (« Prévention et contrôle de l’infection », « Dynamiques sociales et économiques, enjeux éthiques », « Enjeux globaux de l’épidémie Covid-19 »).

La plupart des projets de ce domaine mobilisent des chercheurs en sciences humaines et sociales, certains sont portés par des chercheurs en santé publique, notamment pour les domaines éthique et organisation des soins.

Les questions abordées peuvent être regroupées en 7 grands thèmes, parmi lesquels cinq sont essentiellement portés par des chercheurs en sciences humaines et sociales et concernent 51 projets :

  • perception, comportements, pratiques, cohésion sociale
  • effets de l’épidémie et des mesures de gestion auprès des différentes populations
  • risque, expertise, action collective, politiques publiques
  • enjeux sociaux, économiques et géopolitiques
  • innovation, gestion, organisation
 

Les deux thèmes suivants regroupent 14 projets qui sont portés par des chercheurs en sciences humaines et sociales ou par des spécialistes de santé publique ou des médecins :

  • Ethique médicale et scientifique
  • Organisation des services hospitaliers et des soins
 

La diversité des disciplines des sciences humaines et sociales est mobilisée : anthropologie, ethnologie, sociologie, science politique, droit, philosophie, épistémologie, économie (politique, du développement, expérimentale, financière…), gestion, psychologie (clinique, sociale, cognitive), psychopathologie. De nombreux projets rassemblent différentes disciplines.

Les méthodes relèvent d’approches qualitatives (observations, entretiens, journaux personnels, récits, groupes de discussion en ligne, analyse de discours…) et quantitatives (à partir d’enquête de panel, de suivi longitudinal…), mais aussi d’approches expérimentales (dont expérimentation en ligne, expérience de terrain…).

Les terrains d’étude et les types de données sont multiples :

  • population générale aux différents âges et de différentes catégories sociales, patients, professionnels de santé, intervenants institutionnels, journalistes…;
  • Etat et institutions publiques, écoles, scientifiques, experts, agences, ONG et associations…;
  • cohortes (Constances, Elf-EPipage, Nutrinet et E3N-E4N, REACTing…) ;
  • web et réseaux sociaux…
 

De nombreux projets proposent des comparaisons internationales avec différents pays (dont l’Italie, l’Allemagne, la Suisse, le Royaume-Uni, l’Autriche, le Canada, les Etats-Unis, l’Amérique du Sud, l’Afrique centrale, le Mali, la Nouvelle-Zélande, la Chine).

Des projets en coopération internationale

15% des projets financés dans les appels Flash Covid-19 et RA-Covid-19 comprenaient au moins une équipe partenaire étrangère financée sur fonds propres. 30 projets comprennent 42 équipes étrangères partenaires qui ont mobilisé leurs propres financements nationaux : USA (9), Suisse (6), Canada (4), Italie (3), Belgique (2), Chine (2), Royaume uni (2), Suède (2), Viet Nam (2), Allemagne, Pays-Bas, Cambodge, Cameroun, Côte d’Ivoire, Japon, Laos, Mali, Taïwan, Thaïlande.

Les actions complémentaires de l’ANR contre la pandémie Covid-19 en 2020

Priorité Covid-19 dans l’appel à projet générique

Publié fin juillet 2020, le Plan d’action 2021 de l’ANR affiche une priorité générale « Covid-19 » sur l’ensemble de l’Appel à projets générique 2021 (AAPG 2021). Complémentaires aux projets courts financés par les appels Flash Covid-19 et RA-Covid-19 et dotés d’un budget plus élevé (300-700k€), les projets de l’AAPG 2021 permettront de développer des travaux de plus grande ampleur sur une durée de 3-4 ans.

L’objectif est de mobiliser les communautés scientifiques françaises sur la pandémie Covid-19 et ses conséquences dans le cadre d’une approche globale et de produire des connaissances sur tous les domaines de recherche pouvant être concernés.

Une attention particulière est portée aux projets de recherche qui s’inscriront dans la lutte contre la pandémie ou qui permettront de mieux comprendre les facteurs environnementaux, anthropiques, sanitaires, socio-économiques et comportementaux pouvant jouer un rôle dans l’émergence, la propagation et l’impact des pandémies, de développer des moyens d’évaluation et de réduction des risques et de surveillance des différents impacts, d’analyser et d’accompagner les évolutions sociales, économiques, environnementales, agricoles et industrielles liées à la gestion de la crise. La métropole, les territoires ultramarins et l’international sont concernés. Il s’agit également d’accompagner la reprise économique en limitant l’impact des activités humaines sur les changements globaux et en développant des processus augmentant la résilience de la société. Les approches globales inter et transdisciplinaires sont encouragées.

Les projets déposés à l’automne 2021 suivent un processus d’évaluation en deux étapes et le résultat de la sélection sera publié en juillet 2021

Une 3eme initiative spécifique : l’appel à projets Résilience Covid-19

Suite à la recrudescence de la pandémie Covid-19 à l’automne 2020 et à la mise en place du 2ème confinement, une troisième initiative spécifique, intitulée « Résilience Covid-19 », a été lancée le 18 décembre 2020 et clôturé le 2 mars 2021. Son objectif est de financer rapidement des projets à court terme prenant en compte les nouveaux développements de la pandémie. Cet appel vise à soutenir des projets ciblant des domaines pas encore ou peu défrichés dans les appels précédents et qui nécessitent un financement immédiat. Les projets doivent également avoir pour objectif l’acquisition de connaissances avec une application attendue en terme de méthodes, de techniques ou de recommandations dans les douze mois.

Dans la continuité des appels Flash Covid-19 et RA-Covid-19, et en cohérence avec les recommandations de l’OMS et les priorités de recherche établies par REACTing (aujourd’hui ANRS Maladies infectieuses émergentes), les axes de l’appel étaient les suivants :

  • Physio-pathogénie et épidémiologie
  • Prévention, contrôle de l’épidémie et dynamiques sociales
  • Impacts économique et organisationnel sur les différents secteurs d’activité et les relations internationales
 

Le périmètre de l’appel était plus restreint que les appels Covid-19 précédents et ciblait des thématiques de recherche encore inconnues durant l’été 2020, telles que le Covid-Long  ou l’impact de la Covid-19 sur la santé mentale. La durée maximale des projets était de 12 mois et d’un budget maximal de 80k€. 155 projets ont été déposés et seront sélectionnés au cours de la seconde quinzaine d’avril 2021.

Des coopérations avec les Régions

L’ANR a également été associée à la dimension régionale de la recherche sur le Covid-19 en tant qu’opérateur de l’évaluation. Deux régions, qui ont participé au co-financement de l’appel Flash, ont organisé chacune un appel « Résilience Covid-19 ». L’appel de la région Grand Est s’est déroulé en juin 2020 et celui de la région Hauts-de-France en novembre 2020, financés chacun à parts égales par la région et par le MESRI (2 M€ pour chaque appel).

Les deux appels à projets « Résilience Grand-Est » (67 projets évalués pour 15 lauréats) et « Résilience Hauts de France » (33 projets évalués pour 15 lauréats) avaient pour objectifs d’évaluer l’impact territorial de la crise sanitaire, notamment sur le système de santé, l’économie, la société et l’environnement et d’accompagner leur adaptation. Ils visaient également à encourager les collaborations entre les acteurs privés et les différents laboratoires académiques régionaux dans la perspective de favoriser la résilience des territoires.

Des coopérations internationales

Les actions internationales sur la Covid-19 s’inscrivent dans le cadre des collaborations existantes avec des agences partenaires de l’ANR.

L’ANR a privilégié la coordination et la collaboration entre projets issus d’appels de type « Flash nationaux » via des interactions bilatérales avec des agences partenaires. Une interaction avec la JST (Japan Science and Technology Agency) a permis d’orienter des chercheurs français lauréats du Flash-Covid-19 vers des chercheurs japonais financés par la JST et trois projets franco-japonais se sont concrétisés.

Un colloque sino-européen associant l’agence chinoise NSFC et Science Europe incluant l’ANR a eu lieu le 14 décembre 2020 sur le thème « prévention et contrôle de l’épidémie » avec l’objectif de développer des collaborations sino-européennes. Ces deux coopérations se prolongeront en 2021.

L’ANR cofinancera également en mars 2021 l’appel international dans le domaine des sciences humaines et sociales « Recovery, renewal, and résilience in post-pandemic world » porté par la plateforme transatlantique qui regroupe 11 agences de financement. 

L’ANR prévoit courant 2021 la publication d’un rapport d’étape sur des résultats obtenus par les projets financés dans le cadre des appels Covid-19 avec l’organisation d’un colloque bilan en 2022.

 

 

Philippe Bouvet, responsable adjoint département Biologie santé, Agence nationale de la recherche

Catherine Courtet, responsable scientifique, département Sciences humaines et sociales, Agence nationale de la recherche

Dominique Dunon-Bluteau, responsable du département Biologie santé, Agence nationale de la recherche